受债务危机的影响，希腊留下的创伤仍未痊愈，甚至一度被认为将排除在申根区之外。本月12日，欧盟委员会委员表示，欧盟为应对难民危机，只是在声明中要求希腊加强边界控制，而否认把其排除在申根区之外。

欧盟委员会委员表示，应该看到欧盟委员会希望在声明中展现的一些积极措施，如欧盟将向希腊提供一切可能的帮助，加强其在应对移民问题上的一些薄弱环节，以便完全恢复申根区的正常功能，确保通行自由。

欧盟成员国通过建议书，敦促希腊在3个月内采取措施加强外部边境管控。建议书要求希腊在外来移民登记程序、海洋边境巡逻、边检、风险分析、人事调度和培训、设施建设和国际合作等领域采取措施，保证对申根区外部边境的控制。

根据该声明，如果希腊未能按期解决这些问题，欧盟的其他申根区成员国将获准采取例外措施，在申根区之内实施最长可达两年的边界管制措施。受难民危机和安全威胁影响，申根区26国已有德国、奥地利、法国、瑞典、挪威、丹麦等国先后恢复临时边检。最早恢复边检的德国、奥地利已表示申请延长边检实施时限。

过去几个月来，一些欧盟成员国和若干邻国批评希腊未能有效管控其边界来防止难民涌入欧盟。据联合国难民署和国际移民组织统计，2015年经由地中海和陆路前往欧洲寻求庇护的难民和移民总数超过100万，其中约80％从土耳其出发经过爱琴海抵达希腊。